Lietuva tapo tikrąja IOM nare 1998 m. Lietuvos Respublikos Vyriausybei pasirašius ir Seimui ratifikavus Lietuvos Respublikos Vyriausybės ir Tarptautinės migracijos organizacijos bendradarbiavimo susitarimą

Lietuvoje IOM Vilniaus biuras vykdo šias pagrindines veiklas: 

  • Savanoriško grįžimo ir reintegracijos pagalba. IOM Vilniaus biuras padeda sudėtingoje situacijoje atsidūrusiems migrantams grįžti į kilmės šalis. 
  • Konsultacijos grįžtantiems Lietuvos migrantams. Nuo 2015 m. sausio IOM Vilniaus biure veikia Migracijos informacijos centras. Jo tikslas - grįžusiems arba apie grįžimą galvojantiems Lietuvos migrantams suteikti visą reikalingą informaciją, susijusią su grįžimu į Lietuvą, ir nukreipti juos į jų užklausas atitinkančias institucijas ar organizacijas. 
  • Lietuvos atstovavimas Europos migracijos tinkle (EMN). Bendradarbiaujant su Lietuvos Respublikos Vyriausybe IOM Vilniaus biuras atstovauja Lietuvai EMN ir dalyvauja įvairiose darbo grupėse.
  • Tyrimai migracijos srityje. IOM Vilniaus biuras atlieka tyrimus aktualiomis migracijos temomis bei renka, analizuoja ir visuomenei suprantama kalba pateikia statistinę informaciją.